كثرت منذ نحو عام الفصائل المسلحة في دارفور ولم يكن هذا الإقليم يعرف مع بدايات الألفية الحالية سوى فصيلين عسكريين سياسيين هما حركة تحرير السودان وحركة العدل والمساواة

وقد أعلنت بعض هذه الفصائل عن مشاركتها في مؤتمر طرابلس، وسيكون الغائبان البارزان عن المؤتمر هما:

حركة تحرير السودان:

أسسها بعض أبناء الزغاوة والمساليت والفور. وعرفت الحركة في البداية باسم «جبهة تحرير دارفور» وكانت عضويتها مقصورة على بعض أبناء قبيلة الفور الأفريقية. وبعدما انفتحت على أبناء القبائل الأخرى بالإقليم أطلقت على نفسها الاسم الحالي وذلك يوم 14 مارس/آذار 2003.

وفي 28 أكتوبر/تشرين الأول 2005 عقدت الحركة مؤتمرها ببلدة حسكنيتة في جنوب دارفور الذي فصل عبد الواحد نور من رئاستها، فانشقت الحركة إلى قسمين قسم شكل جناح أمينها العام مني أركوى ميناوي الذي وقع سنة 2006 اتفاقية أبوجا وبعد ذلك أصبح كبير مساعدي رئيس السودان عمر حسن البشير. وقسم شكل جناح رئيس الحركة عبد الواحد محمد نور.

وتتالت الانشقاقات فانشقت عنها فصائل شكلت قادة شمال دارفور بزعامة جار النبي عبد القادر وانشق فصيل يسمى حركة تحرير السودان (مجموعة الـ19) ومنه انشقت حركة تحرير السودان الموحدة بزعامة القائد أحمد عبد الشافي.

حركة العدل والمساواة
كانت تشكل بإقليم دارفور ثاني أهم تشكيلة سياسية عسكرية بعد حركة تحرير السودان. وإذا كان الفور هم من أسس حركة تحرير السودان فإن أبناء قبيلة الزغاوة قد أسسوا حركة العدل والمساواة.

ويرأس هذه الحركة الدكتور خليل إبراهيم محمد، وهو وزير سابق للأمن في حكومة الرئيس السوداني عمر البشير.

أصدرت الحركة بيانها التأسيسي عام 2001 وبدأت نشاطها العسكري في فبراير/شباط 2003 إلى جانب حركة تحرير السودان.

وقد انشقت عن حركة العدل والمساواة في مارس/آذار 2004 الحركة الوطنية للإصلاح والتنمية بقيادة جبريل عبد الكريم باري وخليل عبد الله.

وانشق عنها المهندس محمد صالح حربة مكونا حركة العدل والمساواة- القيادة الميدانية.

كما انشق عنها عبد الرحيم أبو ريشة مكونا حركة العدل والمساواة جناح السلام. وانشقت عنها مجموعة الدكتور إدريس أزرق.

أما الفصائل المسلحة التي ستحضر مؤتمر طرابلس فمن أبرزها:

حركة جيش تحرير السودان:
ويرأسها خميس أبو بكر وهو من قبيلة المساليت. وكان نائب رئيس حركة تحرير السودان عبد الواحد محمد نور قبل أن ينسحب عنه ويؤسس حركة جيش تحرير السودان. وهو من بين سياسيي حركة تحرير السودان الذين أسسوا مجموعة الـ19 وجمدوا صلاحيات رئيس الحركة نور قبل أن يفصلوه.
قادة شمال دارفور:
ويتزعم هذا التنظيم القائد جار النبي عبد القادر يونس. وقد اتحد معه فصيلان مسلحان أحدهما برئاسة صديق عبد الكريم والآخر بقيادة محمد علي كلاعي ليشكلوا تنظيم قادة شمال دارفور. والجميع كانوا أعضاء في حركة تحرير السودان قبل أن تعصف بها الانشقاقات.
حركة تحرير السودان الموحدة:
وهي حركة منشقة عن حركة تحرير السودان ويتزعم هذا الفصيل القائد أحمد عبد الشافي الذي كان القائد الميدانى لقوات عبد الواحد نور بدارفور. وكان عند انشقاقه قد شكل مع مجموعة من السياسيين والعسكريين تنظيما أطلقوا عليه حركة تحرير السودان (مجموعة الـ 19) مجمدين صلاحيات عبد الواحد. ثم انشق أحمد عبد الشافي عن حركة تحرير السودان (مجموعة الـ19) مشكلا حركة تحرير السودان الموحدة.
حركة العدل والمساواة/فصيل القيادة الموحدة:
وهو تنظيم منشق عن حركة العدل والمساواة أعلن عن حضوره مؤتمر سرت.

مجموعة آدم بخيت
ومن أبرز شخصياتها القائد الميداني آدم بخيت وهو من الكوادر التي استقطبها الدكتور شريف حرير في بداية تكوين الاتحاد الفدرالي بأسمرا. وقد انضم إلى مني ميناوي ثم انفصل عنه منضما لتجمع موسع يعرف بجبهة الخلاص ويضم العديد من وجوه قواد وسياسيي دارفور. ومعه في هذه المجموعة شخصيات دارفورية من بينها من العسكريين: صديق برة وعبد الله يحيى وصلاح جوك وعبد الله بريق إلى جانب بعض السياسيين مثل الدكتور شريف حرير وآدم علي شوقار